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About ARTRA™ DB
About a new gene-specific DNA Microarray
About our Arabidopsis Transcriptome Database
Reference
What's newARTRA™(Arabidopsis Transcriptome and DNA MicroArray) DBは、モデル植物・シロイヌナズナの遺伝子特異的DNA断片と転写配列の統合データベースです。
本DBは、独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）より委託を受け「植物の物質生産プロセス制御基盤技術開発」プロジェクト(PMプロジェクト)の一環とし開発しました。
PMプロジェクトは、植物における物質生産経路及びその制御機構を解析し、遺伝子組換え技術等を用いてそれらのプロセス改変効果を検証することにより、有用物質を効率的に生産するためのプロセス制御基盤技術を開発することを目的としています。その中で我々は、モデル植物・シロイヌナズナについてトランスクリプトーム解析を行い、物質生産及びその制御に関わる遺伝子群を特定し、それらの機能を解析を行っています。そこで、検証に使用する高感度で特異性の高いＤＮＡマイクロアレイ"ARI3"を開発しました。またアレイの情報を簡単に検索できるデータベースを開発しアレイのプローブ配列設計や評価に用いたトランスクリプトームデータベースと同時に公開できるようにしました＜ARTRA™ 統合データベース＞。
プロジェクト全体の概要に関しては、バイオテクノロジー技術開発研究組合のNEDO委託事業のページを参照してください。
我々は、Arabidopsis thalianaの約25,000遺伝子を搭載したDNAマイクロアレイを開発しました。搭載した遺伝子配列としては、公開ゲノム配列および転写配列より作製した転写配列を基準に、特異性の高い配列を設計しました。また、Takara-Hubble Slide上に約３００塩基のcDNAセンス鎖を固定化することにより、高いシグナル強度とバックグラウンドの低い高感度解析が可能となりました。
我々は、正確な Arabidopsis thaliana の転写配列データベースを作製するために、262,196個の完全長cDNA配列、EST配列などの転写配列を集めました。MIPSゲノムデータベースの26,637のORF配列をシード配列として、クラスタリング、アセンブルを行うことにより重なりのない転写配列を作成しました。その結果、19,380のシード配列を含む転写配列と4,875のシード配列を含まない転写配列が作成できました。これらの配列は、マイクロアレイのプローブ配列設計や評価に用いられています。
本データベースの情報を利用された研究発表の際は、本データベースの情報を使用した旨を明記お願いいたします。
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2005/07/04 | version 3.0 | ARI3 LOT3 data release. |
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2004/07/20 | version 2.0 | ARI3 data release. Clustering data update |
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2003/11/20 | version 1.2 | Update spot specificity data |
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2003/11/14 | version 1.1 | Add advanced search |
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2003/10/01 | version 1.0 | Open site |
Last Update : 2005/09/06