BLASTN 2.2.3 [Apr-24-2002]

Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer, 
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), 
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Query= rpl23-02.F
         (6885 letters)

Database: ../PTA.blast_byTAIR/DB/ATH1_cdna_cm_20040228.fa 
           29,161 sequences; 44,058,232 total letters

Searching..................................................done


                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AtCg00860  ycf2.1#hypothetical protein                           1.365e+04   0.0  
AtCg01280  ycf2.2#hypothetical protein                           1.365e+04   0.0  
At5g66530.1  68418.m08388 aldose 1-epimerase family protein ...    48   0.001
At5g37680.1  68418.m04538 ADP-ribosylation factor, putative ...    42   0.062
At5g10900.1  68418.m01265 calcineurin-like phosphoesterase f...    40   0.25 
>AtCg00860 ycf2.1#hypothetical protein
          Length = 6885

 Score = 1.365e+04 bits (6885), Expect = 0.0
 Identities = 6885/6885 (100%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                        
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>AtCg01280 ycf2.2#hypothetical protein
          Length = 6885

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 Identities = 6885/6885 (100%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                        
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Query: 6661 aatacgcaagaaaagcacttcgaattgttgattcagcgccagagatggcttagaaccaat 6720
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Sbjct: 6661 aatacgcaagaaaagcacttcgaattgttgattcagcgccagagatggcttagaaccaat 6720

                                                                        
Query: 6721 agttcattatctaatggatttttccgttctaatactcgatccgagagttatcagtattta 6780
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Sbjct: 6721 agttcattatctaatggatttttccgttctaatactcgatccgagagttatcagtattta 6780

                                                                        
Query: 6781 tcaaatctgttcatatctaacggaacgctattggatcgaatgacaaagacattgttgaaa 6840
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Sbjct: 6781 tcaaatctgttcatatctaacggaacgctattggatcgaatgacaaagacattgttgaaa 6840

                                                         
Query: 6841 aaaagatggcttttctcggatgaaatgaaaataggattcatgtaa 6885
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Sbjct: 6841 aaaagatggcttttctcggatgaaatgaaaataggattcatgtaa 6885
>At5g66530.1 68418.m08388 aldose 1-epimerase family protein similar to
            apospory-associated protein C; APOC [Chlamydomonas
            reinhardtii] GI:6970044; contains Pfam profile PF01263:
            Aldose 1-epimerase
          Length = 1099

 Score = 48.1 bits (24), Expect = 0.001
 Identities = 24/24 (100%)
 Strand = Plus / Plus

                                    
Query: 4059 aatccttttccttcttcttgttgc 4082
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Sbjct: 1    aatccttttccttcttcttgttgc 24
>At5g37680.1 68418.m04538 ADP-ribosylation factor, putative ADP-ribosylation
            factor, Leishmania major, EMBL:LMFP1421 and
            ADP-ribosylation factor-like protein 1 (ARL1) (SP:P40616)
            Homo sapiens; contains PF00025: ADP-ribosylation factor
            family
          Length = 886

 Score = 42.1 bits (21), Expect = 0.062
 Identities = 21/21 (100%)
 Strand = Plus / Plus

                                 
Query: 4147 ttcgaaaagatcaaatctttg 4167
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Sbjct: 107  ttcgaaaagatcaaatctttg 127
>At5g10900.1 68418.m01265 calcineurin-like phosphoesterase family protein contains
            Pfam profile: PF00149 calcineurin-like phosphoesterase
          Length = 1803

 Score = 40.1 bits (20), Expect = 0.25
 Identities = 23/24 (95%)
 Strand = Plus / Minus

                                    
Query: 893  agcatgtttcccatctcttctcga 916
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Sbjct: 1343 agcatgtttcccatgtcttctcga 1320
  Database: ../PTA.blast_byTAIR/DB/ATH1_cdna_cm_20040228.fa
    Posted date:  Jun 25, 2004 12:58 PM
  Number of letters in database: 44,058,232
  Number of sequences in database:  29,161
  
Lambda     K      H
    1.37    0.711     1.31 

Gapped
Lambda     K      H
    1.37    0.711     1.31 


Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 235,820
Number of Sequences: 29161
Number of extensions: 235820
Number of successful extensions: 5353
Number of sequences better than 10.0: 40
length of query: 6885
length of database: 44,058,232
effective HSP length: 19
effective length of query: 6866
effective length of database: 43,504,173
effective search space: 298699651818
effective search space used: 298699651818
T: 0
A: 40
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 18 (36.2 bits)