BLASTN 2.2.3 [Apr-24-2002]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= ycF1.F
(1032 letters)
Database: ../PTA.blast_byTAIR/DB/ATH1_cdna_cm_20040228.fa
29,161 sequences; 44,058,232 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
AtCg01000 ycf1.1#hypothetical protein 2046 0.0
AtCg01130 ycf1.2#hypothetical protein 2042 0.0
AtMg00370 orf199#hypothetical protein 957 0.0
At2g07739.1 68415.m00990 expressed protein 950 0.0
AtCg01010 ndhF#NADH dehydrogenase ND5 78 2e-13
>AtCg01000 ycf1.1#hypothetical protein
Length = 1032
Score = 2046 bits (1032), Expect = 0.0
Identities = 1032/1032 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 gtgatggtttttcaatcttttatactaggtaatctagtatccttatgcatgaagataata 60
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Sbjct: 1 gtgatggtttttcaatcttttatactaggtaatctagtatccttatgcatgaagataata 60
Query: 61 aattcggtcgttgtggtcggactctattatggatttctgaccacattttccatagggccc 120
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Query: 121 tcttatctcttccttctccgagctcgggttatggacgaaggagaagaaggaaccgagaag 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 tcttatctcttccttctccgagctcgggttatggacgaaggagaagaaggaaccgagaag 180
Query: 181 aaagtatcagcaacaacaggttttattgcgggacagctcatgatgttcatatcgatctat 240
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Query: 241 tatgcgcctctgcatttagcattgggtagacctcatacaataactgtcctagctctaccg 300
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Sbjct: 241 tatgcgcctctgcatttagcattgggtagacctcatacaataactgtcctagctctaccg 300
Query: 301 tatcttttgtttcatttcttctggaacaatcacaaacacttttttgattatggatctact 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 301 tatcttttgtttcatttcttctggaacaatcacaaacacttttttgattatggatctact 360
Query: 361 accagaaatgaaatgcgtaatcttcgcattcaatgtgtattcctgaataatctcattttt 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 421 caattattcaaccatttcattttaccaagttcaatgttagccagattagtcaacatttat 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 421 caattattcaaccatttcattttaccaagttcaatgttagccagattagtcaacatttat 480
Query: 481 atgtttcgatgcaacaacaagatgttatttgtaacaagtagttttgttggttggttaatt 540
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Sbjct: 481 atgtttcgatgcaacaacaagatgttatttgtaacaagtagttttgttggttggttaatt 540
Query: 541 ggtcacattttattcatgaaatgggttggattggtattagtctggatacagcaaaataat 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 541 ggtcacattttattcatgaaatgggttggattggtattagtctggatacagcaaaataat 600
Query: 601 tctattaggtctaatgtagttattagatctaataagtataagttccttgtgtcagaattg 660
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Query: 661 agaaattctatggctcgaatctttagtattctcttatttattacctgtgtctactattta 720
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Sbjct: 661 agaaattctatggctcgaatctttagtattctcttatttattacctgtgtctactattta 720
Query: 721 ggcagaataccatcacccatttttactaagaaacttaaaggaacctcagaaacgggtggg 780
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Sbjct: 721 ggcagaataccatcacccatttttactaagaaacttaaaggaacctcagaaacgggtggg 780
Query: 781 actaaacaggaccaagaggtatccaccgaagaagctccttttccttctcttttttcggaa 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 781 actaaacaggaccaagaggtatccaccgaagaagctccttttccttctcttttttcggaa 840
Query: 841 gaaggggaagatctggacaaaatcgatgaaatggaagaaatccgagtgaatggaaaagac 900
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Sbjct: 841 gaaggggaagatctggacaaaatcgatgaaatggaagaaatccgagtgaatggaaaagac 900
Query: 901 aaaattaataaggatgatgaattccacgttcgaacatactataactataaaactgtttct 960
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Sbjct: 901 aaaattaataaggatgatgaattccacgttcgaacatactataactataaaactgtttct 960
Query: 961 gaaaatctatatggaaataaagaaaattcgaatttagaatttttcaaaataaaaaaaaaa 1020
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Sbjct: 961 gaaaatctatatggaaataaagaaaattcgaatttagaatttttcaaaataaaaaaaaaa 1020
Query: 1021 gaggatcattaa 1032
||||||||||||
Sbjct: 1021 gaggatcattaa 1032
Score = 32.2 bits (16), Expect = 8.9
Identities = 16/16 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 620 ttattagatctaataa 635
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Sbjct: 635 ttattagatctaataa 620
>AtCg01130 ycf1.2#hypothetical protein
Length = 5361
Score = 2042 bits (1030), Expect = 0.0
Identities = 1030/1030 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 gtgatggtttttcaatcttttatactaggtaatctagtatccttatgcatgaagataata 60
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Sbjct: 1 gtgatggtttttcaatcttttatactaggtaatctagtatccttatgcatgaagataata 60
Query: 61 aattcggtcgttgtggtcggactctattatggatttctgaccacattttccatagggccc 120
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Sbjct: 61 aattcggtcgttgtggtcggactctattatggatttctgaccacattttccatagggccc 120
Query: 121 tcttatctcttccttctccgagctcgggttatggacgaaggagaagaaggaaccgagaag 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 tcttatctcttccttctccgagctcgggttatggacgaaggagaagaaggaaccgagaag 180
Query: 181 aaagtatcagcaacaacaggttttattgcgggacagctcatgatgttcatatcgatctat 240
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Sbjct: 181 aaagtatcagcaacaacaggttttattgcgggacagctcatgatgttcatatcgatctat 240
Query: 241 tatgcgcctctgcatttagcattgggtagacctcatacaataactgtcctagctctaccg 300
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Sbjct: 241 tatgcgcctctgcatttagcattgggtagacctcatacaataactgtcctagctctaccg 300
Query: 301 tatcttttgtttcatttcttctggaacaatcacaaacacttttttgattatggatctact 360
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Sbjct: 301 tatcttttgtttcatttcttctggaacaatcacaaacacttttttgattatggatctact 360
Query: 361 accagaaatgaaatgcgtaatcttcgcattcaatgtgtattcctgaataatctcattttt 420
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Sbjct: 361 accagaaatgaaatgcgtaatcttcgcattcaatgtgtattcctgaataatctcattttt 420
Query: 421 caattattcaaccatttcattttaccaagttcaatgttagccagattagtcaacatttat 480
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Sbjct: 421 caattattcaaccatttcattttaccaagttcaatgttagccagattagtcaacatttat 480
Query: 481 atgtttcgatgcaacaacaagatgttatttgtaacaagtagttttgttggttggttaatt 540
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Sbjct: 481 atgtttcgatgcaacaacaagatgttatttgtaacaagtagttttgttggttggttaatt 540
Query: 541 ggtcacattttattcatgaaatgggttggattggtattagtctggatacagcaaaataat 600
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Sbjct: 541 ggtcacattttattcatgaaatgggttggattggtattagtctggatacagcaaaataat 600
Query: 601 tctattaggtctaatgtagttattagatctaataagtataagttccttgtgtcagaattg 660
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Sbjct: 601 tctattaggtctaatgtagttattagatctaataagtataagttccttgtgtcagaattg 660
Query: 661 agaaattctatggctcgaatctttagtattctcttatttattacctgtgtctactattta 720
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Sbjct: 661 agaaattctatggctcgaatctttagtattctcttatttattacctgtgtctactattta 720
Query: 721 ggcagaataccatcacccatttttactaagaaacttaaaggaacctcagaaacgggtggg 780
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Sbjct: 721 ggcagaataccatcacccatttttactaagaaacttaaaggaacctcagaaacgggtggg 780
Query: 781 actaaacaggaccaagaggtatccaccgaagaagctccttttccttctcttttttcggaa 840
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Sbjct: 781 actaaacaggaccaagaggtatccaccgaagaagctccttttccttctcttttttcggaa 840
Query: 841 gaaggggaagatctggacaaaatcgatgaaatggaagaaatccgagtgaatggaaaagac 900
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Sbjct: 841 gaaggggaagatctggacaaaatcgatgaaatggaagaaatccgagtgaatggaaaagac 900
Query: 901 aaaattaataaggatgatgaattccacgttcgaacatactataactataaaactgtttct 960
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Sbjct: 901 aaaattaataaggatgatgaattccacgttcgaacatactataactataaaactgtttct 960
Query: 961 gaaaatctatatggaaataaagaaaattcgaatttagaatttttcaaaataaaaaaaaaa 1020
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Sbjct: 961 gaaaatctatatggaaataaagaaaattcgaatttagaatttttcaaaataaaaaaaaaa 1020
Query: 1021 gaggatcatt 1030
||||||||||
Sbjct: 1021 gaggatcatt 1030
Score = 32.2 bits (16), Expect = 8.9
Identities = 16/16 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 620 ttattagatctaataa 635
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Sbjct: 635 ttattagatctaataa 620
>AtMg00370 orf199#hypothetical protein
Length = 600
Score = 957 bits (483), Expect = 0.0
Identities = 518/529 (97%), Gaps = 3/529 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 4 atggtttttcaatcttttatactaggtaatctagtatccttatgcatgaagataataaat 63
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Sbjct: 1 atggtttttcaatcttttatactaggtaatctagtatacttatgcatgaagataatcaat 60
Query: 64 tcggtcgttgtggtcggactctattatggatttctgaccacattttccatagggccctct 123
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Sbjct: 61 tcggtcgttgtggtcggactctattatggatttctgaccacattctccatagggccctct 120
Query: 124 tatctcttccttctccgagctcgggttatggacgaaggagaagaaggaaccgagaagaaa 183
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Sbjct: 121 tatctcttccttctccgagctcgggttatggacgaaggagaagaaggaaccgagaagaaa 180
Query: 184 gtatcagcaacaacaggttttattgcgggacagctcatgatgttcatatcgatctattat 243
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Sbjct: 181 gtatcagcaacaacaggttttattgcgggacagctcatgatgttcatatcgatctattat 240
Query: 244 gcgcctctgcatttagcattgggtagacctcatacaataactgtcctagctctaccgtat 303
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Sbjct: 241 gcgcctctgcatttagcattgggtagacctcatacaataactgtcctagctctaccgtat 300
Query: 304 cttttgtttcat---ttcttctggaacaatcacaaacacttttttgattatggatctact 360
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Sbjct: 301 cttttgtttcatttcttcttctggaacaatcacaaacacttttttgattatggatctact 360
Query: 361 accagaaatgaaatgcgtaatcttcgcattcaatgtgtattcctgaataatctcattttt 420
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Sbjct: 361 accagaaatgaaatgcgtaatcttcgcattcaatgtgtattcccgaataatctaattttt 420
Query: 421 caattattcaaccatttcattttaccaagttcaatgttagccagattagtcaacatttat 480
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct: 421 aaattattcaaccatttaattttaccaagttcaatgttagccagattagtaaacatttat 480
Query: 481 atgtttcgatgcaacaacaagatgttatttgtaacaagtagttttgttg 529
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Sbjct: 481 atgtttcgatgcaacaacaagatgttatttgtaacaagtagttttgttg 529
>At2g07739.1 68415.m00990 expressed protein
Length = 600
Score = 950 bits (479), Expect = 0.0
Identities = 517/529 (97%), Gaps = 3/529 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 4 atggtttttcaatcttttatactaggtaatctagtatccttatgcatgaagataataaat 63
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Sbjct: 1 atggtttttcaatcttttatactaggtaatctagtatacttatgcatgaagataatcaat 60
Query: 64 tcggtcgttgtggtcggactctattatggatttctgaccacattttccatagggccctct 123
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Sbjct: 61 tcggtcgttgtggtcggactctattatggatttctgaccacattctccatagggcccttt 120
Query: 124 tatctcttccttctccgagctcgggttatggacgaaggagaagaaggaaccgagaagaaa 183
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Sbjct: 121 tatctcttccttctccgagctcgggttatggacgaaggagaagaaggaaccgagaagaaa 180
Query: 184 gtatcagcaacaacaggttttattgcgggacagctcatgatgttcatatcgatctattat 243
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Sbjct: 181 gtatcagcaacaacaggttttattgcgggacagctcatgatgttcatatcgatctattat 240
Query: 244 gcgcctctgcatttagcattgggtagacctcatacaataactgtcctagctctaccgtat 303
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Sbjct: 241 gcgcctctgcatttagcattgggtagacctcatacaataactgtcctagctctaccgtat 300
Query: 304 cttttgtttcat---ttcttctggaacaatcacaaacacttttttgattatggatctact 360
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Sbjct: 301 cttttgtttcatttcttcttctggaacaatcacaaacacttttttgattatggatctact 360
Query: 361 accagaaatgaaatgcgtaatcttcgcattcaatgtgtattcctgaataatctcattttt 420
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Sbjct: 361 accagaaatgaaatgcgtaatcttcgcattcaatgtgtattcccgaataatctaattttt 420
Query: 421 caattattcaaccatttcattttaccaagttcaatgttagccagattagtcaacatttat 480
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Sbjct: 421 aaattattcaaccatttaattttaccaagttcaatgttagccagattagtaaacatttat 480
Query: 481 atgtttcgatgcaacaacaagatgttatttgtaacaagtagttttgttg 529
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Sbjct: 481 atgtttcgatgcaacaacaagatgttatttgtaacaagtagttttgttg 529
>AtCg01010 ndhF#NADH dehydrogenase ND5
Length = 2241
Score = 77.8 bits (39), Expect = 2e-13
Identities = 39/39 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 994 ttagaatttttcaaaataaaaaaaaaagaggatcattaa 1032
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2241 ttagaatttttcaaaataaaaaaaaaagaggatcattaa 2203
Database: ../PTA.blast_byTAIR/DB/ATH1_cdna_cm_20040228.fa
Posted date: Jun 25, 2004 12:58 PM
Number of letters in database: 44,058,232
Number of sequences in database: 29,161
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 40,756
Number of Sequences: 29161
Number of extensions: 40756
Number of successful extensions: 1112
Number of sequences better than 10.0: 97
length of query: 1032
length of database: 44,058,232
effective HSP length: 18
effective length of query: 1014
effective length of database: 43,533,334
effective search space: 44142800676
effective search space used: 44142800676
T: 0
A: 40
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 16 (32.2 bits)