BLASTN 2.2.3 [Apr-24-2002]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= PTA.sd.1.C1
(5818 letters)
Database: ../PTA.blast_byTAIR/DB/ATH1_cdna_cm_20040228.fa
29,161 sequences; 44,058,232 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
At1g01040.1 68414.m00004 DEAD/DEAH box helicase carpel fact... 1.144e+04 0.0
At5g26780.2 68418.m03194 glycine hydroxymethyltransferase, ... 42 0.053
At5g26780.1 68418.m03193 glycine hydroxymethyltransferase, ... 42 0.053
At3g48560.1 68416.m05302 acetolactate synthase, chloroplast... 40 0.21
At1g62260.1 68414.m07024 pentatricopeptide (PPR) repeat-con... 40 0.21
>At1g01040.1 68414.m00004 DEAD/DEAH box helicase carpel factory / CAF identical to
RNA helicase/RNAseIII CAF protein GB:AAF03534 GI:6102610
from [Arabidopsis thaliana]
Length = 6188
Score = 1.144e+04 bits (5772), Expect = 0.0
Identities = 5806/5815 (99%), Gaps = 3/5815 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 atggtaatggaggatgagcctagagaagccacaataaagccttcttattggctagatgct 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 374 atggtaatggaggatgagcctagagaagccacaataaagccttcttattggctagatgct 433
Query: 61 tgcgaggacatctcttgtgatcttatcgatgatctcgtgtctgaatttgatccttcctct 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 434 tgcgaggacatctcttgtgatcttatcgatgatctcgtgtctgaatttgatccttcctct 493
Query: 121 gttgctgtcaatgaatccactgatgaaaacggcgtcatcaatgattttttcggtgggatt 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 494 gttgctgtcaatgaatccactgatgaaaacggcgtcatcaatgattttttcggtgggatt 553
Query: 181 gatcacattttagatagtatcaagaacggtggaggcttaccaaacaatggcgtttctgat 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 554 gatcacattttagatagtatcaagaacggtggaggcttaccaaacaatggcgtttctgat 613
Query: 241 accaattctcaaatcaacgaggttactgtaactcctcaggttattgctaaggagacagtg 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 614 accaattctcaaatcaacgaggttactgtaactcctcaggttattgctaaggagacagtg 673
Query: 301 aaggagaatgggttgcaaaagaatggcggtaagagagacgaattctcgaaagaggaagga 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 674 aaggagaatgggttgcaaaagaatggcggtaagagagacgaattctcgaaagaggaagga 733
Query: 361 gacaaggataggaagagagctagggtttgtagttatcagagtgaaaggagtaacctttca 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 734 gacaaggataggaagagagctagggtttgtagttatcagagtgaaaggagtaacctttca 793
Query: 421 ggtagagggcatgttaataattctagggagggagataggtttatgaataggaaacgtact 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 794 ggtagagggcatgttaataattctagggagggagataggtttatgaataggaaacgtact 853
Query: 481 cgtaattgggacgaggcgggtaacaataagaagaaaagggaatgtaacaattacagaaga 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 854 cgtaattgggacgaggcgggtaacaataagaagaaaagggaatgtaacaattacagaaga 913
Query: 541 gatggtagagatagagaagttaggggttattgggagagggataaagttggttccaatgag 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 914 gatggtagagatagagaagttaggggttattgggagagggataaagttggttccaatgag 973
Query: 601 ttggtttataggtcagggacttgggaagctgatcatgaaagagatgttaagaaagtgagt 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 974 ttggtttataggtcagggacttgggaagctgatcatgaaagagatgttaagaaagtgagt 1033
Query: 661 ggtggaaaccgcgaatgcgatgtcaaggcagaggagaacaagagtaagcctgaagaacgt 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1034 ggtggaaaccgcgaatgcgatgtcaaggcagaggagaacaagagtaagcctgaagaacgt 1093
Query: 721 aaagagaaggttgtggaagagcaagcaaggcgataccagttggatgttcttgaacaagct 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1094 aaagagaaggttgtggaagagcaagcaaggcgataccagttggatgttcttgaacaagct 1153
Query: 781 aaagcgaaaaacacgattgctttccttgagaccggtgctggaaagacacttatcgcgatt 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1154 aaagcgaaaaacacgattgctttccttgagaccggtgctggaaagacacttatcgcgatt 1213
Query: 841 cttcttattaaaagtgttcataaggatctgatgagccagaacagaaaaatgctctcggtg 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1214 cttcttattaaaagtgttcataaggatctgatgagccagaacagaaaaatgctctcggtg 1273
Query: 901 ttcttggttcccaaagtgcctttggtttatcagcaagcagaagtgatccgtaatcaaact 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1274 ttcttggttcccaaagtgcctttggtttatcagcaagcagaagtgatccgtaatcaaact 1333
Query: 961 tgttttcaagttggacattattgtggtgagatgggacaggacttttgggattctcgaagg 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1334 tgttttcaagttggacattattgtggtgagatgggacaggacttttgggattctcgaagg 1393
Query: 1021 tggcaacgagagtttgagtctaagcaggttctagttatgacagcacaaattctgttgaat 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1394 tggcaacgagagtttgagtctaagcaggttctagttatgacagcacaaattctgttgaat 1453
Query: 1081 atactgagacacagtatcattagaatggaaacaattgatcttcttattctcgacgagtgt 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1454 atactgagacacagtatcattagaatggaaacaattgatcttcttattctcgacgagtgt 1513
Query: 1141 caccacgctgtcaagaaacatccatactctttagtgatgtcagagttttaccatacaact 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1514 caccacgctgtcaagaaacatccatactctttagtgatgtcagagttttaccatacaact 1573
Query: 1201 cctaaagataaaagacctgccatctttggaatgactgcttcgcctgttaatttaaagggt 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1574 cctaaagataaaagacctgccatctttggaatgactgcttcgcctgttaatttaaagggt 1633
Query: 1261 gtttcaagccaagtagattgtgcgataaagatacgtaacctcgagaccaagttggattct 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1634 gtttcaagccaagtagattgtgcgataaagatacgtaacctcgagaccaagttggattct 1693
Query: 1321 acggtttgtactataaaagatcgaaaagaattagagaaacatgtgcctatgccttcagag 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1694 acggtttgtactataaaagatcgaaaagaattagagaaacatgtgcctatgccttcagag 1753
Query: 1381 atagtcgtcgagtatgacaaagctgctactatgtggtctcttcatgagacaataaagcaa 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1754 atagtcgtcgagtatgacaaagctgctactatgtggtctcttcatgagacaataaagcaa 1813
Query: 1441 atgattgcagctgttgaagaagcggcacaagcaagttcaaggaaaagcaagtggcaattt 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1814 atgattgcagctgttgaagaagcggcacaagcaagttcaaggaaaagcaagtggcaattt 1873
Query: 1501 atgggggctagggatgctggagcaaaggatgaattgagacaggtttatggcgtctctgaa 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1874 atgggggctagggatgctggagcaaaggatgaattgagacaggtttatggcgtctctgaa 1933
Query: 1561 agaacggagagcgatggtgctgccaatttgattcataaacttagagctatcaattatact 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1934 agaacggagagcgatggtgctgccaatttgattcataaacttagagctatcaattatact 1993
Query: 1621 cttgctgaattgggtcaatggtgtgcttacaaggtgggacaatcattcttgtctgctttg 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1994 cttgctgaattgggtcaatggtgtgcttacaaggtgggacaatcattcttgtctgctttg 2053
Query: 1681 caaagtgatgagagggtgaatttccaagtcgacgtgaagtttcaagaatcatacctcagt 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2054 caaagtgatgagagggtgaatttccaagtcgacgtgaagtttcaagaatcatacctcagt 2113
Query: 1741 gaggtggtgtcactcttgcaatgtgagcttctggaaggcgctgctgctgaaaaagtcgcg 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2114 gaggtggtgtcactcttgcaatgtgagcttctggaaggcgctgctgctgaaaaagtcgcg 2173
Query: 1801 gcggaagttggcaaaccagaaaatggtaatgcacatgacgagatggaggagggagagctc 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2174 gcggaagttggcaaaccagaaaatggtaatgcacatgacgagatggaggagggagagctc 2233
Query: 1861 cctgatgatcctgtggtctcgggaggggagcacgttgatgaagtaataggcgccgcagtg 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2234 cctgatgatcctgtggtctcgggaggggagcacgttgatgaagtaataggcgccgcagtg 2293
Query: 1921 gctgatgggaaagttactccaaaagtacaatcattgatcaaactactcctcaaatatcag 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2294 gctgatgggaaagttactccaaaagtacaatcattgatcaaactactcctcaaatatcag 2353
Query: 1981 cacacagctgattttcgagctattgttttcgttgagagggtggttgctgctttggttctt 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2354 cacacagctgattttcgagctattgttttcgttgagagggtggttgctgctttggttctt 2413
Query: 2041 cctaaggtttttgcggagctgccttcgcttagttttatacggtgtgccagcatgattgga 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2414 cctaaggtttttgcggagctgccttcgcttagttttatacggtgtgccagcatgattgga 2473
Query: 2101 cacaataacagccaggagatgaaatcatctcaaatgcaggatacaatttccaaattccga 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2474 cacaataacagccaggagatgaaatcatctcaaatgcaggatacaatttccaaattccga 2533
Query: 2161 gatgggcatgtgacactgttagttgccacaagcgttgctgaggaaggacttgatattagg 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2534 gatgggcatgtgacactgttagttgccacaagcgttgctgaggaaggacttgatattagg 2593
Query: 2221 caatgtaacgttgttatgcgtttcgaccttgcaaagacggtgctggcatacattcagtct 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2594 caatgtaacgttgttatgcgtttcgaccttgcaaagacggtgctggcatacattcagtct 2653
Query: 2281 cgtggccgggcaagaaagcctggatcagactacatactcatggttgagagaggaaatgta 2340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2654 cgtggccgggcaagaaagcctggatcagactacatactcatggttgagagaggaaatgta 2713
Query: 2341 tctcacgcagcgttcctaaggaatgctaggaacagtgaggagacacttcgaaaagaagca 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2714 tctcacgcagcgttcctaaggaatgctaggaacagtgaggagacacttcgaaaagaagca 2773
Query: 2401 atagaaaggactgatcttagtcatctcaaagatacatcgagattaatctcaattgatgct 2460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2774 atagaaaggactgatcttagtcatctcaaagatacatcgagattaatctcaattgatgct 2833
Query: 2461 gtgcctggtacagtttataaggtggaggcaactggtgccatggttagcttgaattccgcg 2520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2834 gtgcctggtacagtttataaggtggaggcaactggtgccatggttagcttgaattccgcg 2893
Query: 2521 gttggtcttgtacatttctactgctctcagcttcctggtgacaggtatgcaatccttcgt 2580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2894 gttggtcttgtacatttctactgctctcagcttcctggtgacaggtatgcaatccttcgt 2953
Query: 2581 cctgagtttagcatggagaagcatgaaaagcctgggggccacacggaatattcatgtagg 2640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 2954 cctgagtttagcatggagaagcatgaaaagcctgggggccacacggaatattcatgtagg 3013
Query: 2641 cttcagcttccttgcaatgcaccgtttgaaatacttgagggtcctgtttgcagttcaatg 2700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3014 cttcagcttccttgcaatgcaccgtttgaaatacttgagggtcctgtttgcagttcaatg 3073
Query: 2701 cgtcttgcacaacaggctgtatgtttagctgcttgcaagaaactgcatgagatgggtgca 2760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3074 cgtcttgcacaacaggctgtatgtttagctgcttgcaagaaactgcatgagatgggtgca 3133
Query: 2761 tttaccgatatgctattaccggacaaaggaagtggtcaagacgctgagaaggctgaccaa 2820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3134 tttaccgatatgctattaccggacaaaggaagtggtcaagacgctgagaaggctgaccaa 3193
Query: 2821 gatgatgaaggtgagcctgttcctggaactgctagacatagagagttctatcctgaaggt 2880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3194 gatgatgaaggtgagcctgttcctggaactgctagacatagagagttctatcctgaaggt 3253
Query: 2881 gtggcggatgtacttaagggagaatgggtttcatctggaaaggaagtttgtgagagctca 2940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3254 gtggcggatgtacttaagggagaatgggtttcatctggaaaggaagtttgtgagagctca 3313
Query: 2941 aagctattccatttatacatgtataatgtcagatgtgtagattttggctcttcaaaagat 3000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3314 aagctattccatttatacatgtataatgtcagatgtgtagattttggctcttcaaaagat 3373
Query: 3001 ccattcctaagcgaagtttcagagttcgcgattctttttggcaatgagctggatgcagag 3060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3374 ccattcctaagcgaagtttcagagttcgcgattctttttggcaatgagctggatgcagag 3433
Query: 3061 gtattatcgatgtctatggatctttatgttgctcgggccatgatcactaaagcatctctt 3120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3434 gtattatcgatgtctatggatctttatgttgctcgggccatgatcactaaagcatctctt 3493
Query: 3121 gctttcaagggatcacttgatattacagaaaaccagctatcatctctaaaaaagtttcat 3180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3494 gctttcaagggatcacttgatattacagaaaaccagctatcatctctaaaaaagtttcat 3553
Query: 3181 gtgaggttaatgagtatcgtgttggatgttgatgttgaaccctccacgacaccatgggat 3240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3554 gtgaggttaatgagtatcgtgttggatgttgatgttgaaccctccacgacaccatgggat 3613
Query: 3241 cctgcaaaggcctacctgtttgtccctgttactgacaatacgtctatggaacccataaaa 3300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3614 cctgcaaaggcctacctgtttgtccctgttactgacaatacgtctatggaacccataaaa 3673
Query: 3301 gggatcaactgggaattggttgaaaagattacgaaaaccacagcgtgggacaaccctctt 3360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3674 gggatcaactgggaattggttgaaaagattacgaaaaccacagcgtgggacaaccctctt 3733
Query: 3361 cagagagctcgtcccgatgtatatctcgggactaatgagagaactcttggtggggacaga 3420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3734 cagagagctcgtcccgatgtatatctcgggactaatgagagaactcttggtggggacaga 3793
Query: 3421 agggaatatgggtttggtaaacttcgtcacaacattgtatttgggcagaaatctcaccca 3480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3794 agggaatatgggtttggtaaacttcgtcacaacattgtatttgggcagaaatctcaccca 3853
Query: 3481 acttatggtattagaggagctgttgcatccttcgatgttgtgagagcttctggattgtta 3540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3854 acttatggtattagaggagctgttgcatccttcgatgttgtgagagcttctggattgtta 3913
Query: 3541 cctgtgagagatgcttttgagaaggaagtagaagaggatttatcaaaaggaaaattgatg 3600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3914 cctgtgagagatgcttttgagaaggaagtagaagaggatttatcaaaaggaaaattgatg 3973
Query: 3601 atggctgatgggtgcatggttgcagaagatcttattgggaaaatagtgacagccgcacat 3660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 3974 atggctgatgggtgcatggttgcagaagatcttattgggaaaatagtgacagccgcacat 4033
Query: 3661 tccgggaagcggttttacgtagattcaatttgttatgacatgagtgcagaaacatctttc 3720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4034 tccgggaagcggttttacgtagattcaatttgttatgacatgagtgcagaaacatctttc 4093
Query: 3721 cctaggaaagagggatatcttggtcccctagagtacaacacgtacgctgactattacaag 3780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4094 cctaggaaagagggatatcttggtcccctagagtacaacacgtacgctgactattacaag 4153
Query: 3781 caaaagtatggagttgatttgaactgtaagcaacaacctttgattaaaggacgtggtgtt 3840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4154 caaaagtatggagttgatttgaactgtaagcaacaacctttgattaaaggacgtggtgtt 4213
Query: 3841 tcgtattgcaagaaccttctttctcctcggtttgaacagtcaggtgaatctgagacagtc 3900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4214 tcgtattgcaagaaccttctttctcctcggtttgaacagtcaggtgaatctgagacagtc 4273
Query: 3901 cttgataagacatattacgtgtttcttccacctgaactatgcgttgtgcatccgctttcg 3960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4274 cttgataagacatattacgtgtttcttccacctgaactatgcgttgtgcatccgctttcg 4333
Query: 3961 ggttcacttatccgaggtgctcagaggttaccctctataatgagaagagttgagagcatg 4020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4334 ggttcacttatccgaggtgctcagaggttaccctctataatgagaagagttgagagcatg 4393
Query: 4021 ttactcgctgttcaactcaaaaatttgattagttatcctattcccacatcaaagattctt 4080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4394 ttactcgctgttcaactcaaaaatttgattagttatcctattcccacatcaaagattctt 4453
Query: 4081 gaagccttgactgccgcctcgtgccaggaaacgttctgctacgagagagctgagctttta 4140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4454 gaagccttgactgccgcctcgtgccaggaaacgttctgctacgagagagctgagctttta 4513
Query: 4141 ggagatgcgtatctaaaatgggttgttagtccggtttccggttcctcaagtatcctcaaa 4200
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||
Sbjct: 4514 ggagatgcgtatctaaaatgggttgttagtc--gttttctgtttctcaagtatcctcaaa 4571
Query: 4201 agcacgagggtcagcttacaaggatgaggcaacaaatggttagtaatatggttctttatc 4260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4572 agcacgagggtcagcttacaaggatgaggcaacaaatggttagtaatatggttctttatc 4631
Query: 4261 agtttgctctggttaaagggcttcagtcatatatccaggcggatcgattcgccccgtcta 4320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4632 agtttgctctggttaaagggcttcagtcatatatccaggcggatcgattcgccccgtcta 4691
Query: 4321 ggtggtctgctcctggtgtgcctccggttttcgacgaggacacaaaagatggaggatctt 4380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4692 ggtggtctgctcctggtgtgcctccggttttcgacgaggacacaaaagatggaggatctt 4751
Query: 4381 cgtttttcgatgaagagcaaaaacctgtttccgaggaaaacagcgatgtgtttgaagatg 4440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4752 cgtttttcgatgaagagcaaaaacctgtttccgaggaaaacagcgatgtgtttgaagatg 4811
Query: 4441 gggagatggaggatggtgaactagagggtgatttgagttcgtaccgagttttatctagca 4500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4812 gggagatggaggatggtgaactagagggtgatttgagttcgtaccgagttttatctagca 4871
Query: 4501 aaacgttagctgatgttgttgaggctttgattggtgtttattacgtcgaagggggtaaga 4560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4872 aaacgttagctgatgttgttgaggctttgattggtgtttattacgtcgaagggggtaaga 4931
Query: 4561 ttgcagctaatcatttgatgaaatggattgggattcacgtggaggatgatcctgatgaag 4620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4932 ttgcagctaatcatttgatgaaatggattgggattcacgtggaggatgatcctgatgaag 4991
Query: 4621 tcgatggaacattgaaaaatgttaatgttccagagagtgtgctcaagagcatcgactttg 4680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 4992 tcgatggaacattgaaaaatgttaatgttccagagagtgtgctcaagagcatcgactttg 5051
Query: 4681 ttggtcttgagagagctcttaaatatgagtttaaagagaaaggtcttcttgttgaagcta 4740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5052 ttggtcttgagagagctcttaaatatgagtttaaagagaaaggtcttcttgttgaagcta 5111
Query: 4741 taacacatgcttcaagaccatcttcaggtgtttcgtgttaccagagattggaatttgttg 4800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5112 taacacatgcttcaagaccatcttcaggtgtttcgtgttaccagagattggaatttgttg 5171
Query: 4801 gtgacgcggtcttggatcatctcatcacaagacatctatttttcacatacacaagccttc 4860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5172 gtgacgcggtcttggatcatctcatcacaagacatctatttttcacatacacaagccttc 5231
Query: 4861 ctcctggtcggttaacagatcttcgagctgcagcggttaacaacgagaattttgctcgcg 4920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5232 ctcctggtcggttaacagatcttcgagctgcagcggttaacaacgagaattttgctcgcg 5291
Query: 4921 ttgcggttaaacataaactccacttgtaccttcgtcacggttcaagcgccctcgaaaaac 4980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5292 ttgcggttaaacataaactccacttgtaccttcgtcacggttcaagcgccctcgaaaaac 5351
Query: 4981 agattcgggaatttgtgaaggaggttcaaaccgagtcatcgaaaccggggtttaactctt 5040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5352 agattcgggaatttgtgaaggaggttcaaaccgagtcatcgaaaccggggtttaactctt 5411
Query: 5041 ttggtttgggagactgcaaagcaccaaaagttcttggagacattgttgaatctattgcag 5100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5412 ttggtttgggagactgcaaagcaccaaaagttcttggagacattgttgaatctattgcag 5471
Query: 5101 gtgctatttttcttgatagtggaaaagatacaactgctgcttggaaggtttttcaacctt 5160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5472 gtgctatttttcttgatagtggaaaagatacaactgctgcttggaaggtttttcaacctt 5531
Query: 5161 tgcttcagcccatggtgacaccagagacacttccaatgcatccggtgcgagagctacaag 5220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5532 tgcttcagcccatggtgacaccagagacacttccaatgcatccggtgcgagagctacaag 5591
Query: 5221 agcgatacaagcaacaagccagaagggttagaatacaaagcgagtaggagtggtaacaca 5280
|||| | | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5592 agcggtgccagcaacaag-cagaagggttagaatacaaagcgagtaggagtggtaacaca 5650
Query: 5281 gcgactgtggaagttttcatcgacggtgttcaagttggagtagcgcaaaacccgcagaag 5340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5651 gcgactgtggaagttttcatcgacggtgttcaagttggagtagcgcaaaacccgcagaag 5710
Query: 5341 aaaatggctcaaaagctagctgcgaggaacgcacttgcagctttgaaagagaaagaaata 5400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5711 aaaatggctcaaaagctagctgcgaggaacgcacttgcagctttgaaagagaaagaaata 5770
Query: 5401 gcagaatcaaaggagaagcatatcaacaacggtaatgcgggagaggatcaaggcgagaat 5460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5771 gcagaatcaaaggagaagcatatcaacaacggtaatgcgggagaggatcaaggcgagaat 5830
Query: 5461 gagaatgggaacaagaagaatgggcatcagccgtttacgagacaaacgttgaatgatatt 5520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5831 gagaatgggaacaagaagaatgggcatcagccgtttacgagacaaacgttgaatgatatt 5890
Query: 5521 tgtttgaggaagaattggccaatgccttcttacagatgtgtgaaagaaggaggaccggct 5580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5891 tgtttgaggaagaattggccaatgccttcttacagatgtgtgaaagaaggaggaccggct 5950
Query: 5581 catgcaaagagatttacgtttggggtaagagttaatacgagcgatagaggatggaccgat 5640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 5951 catgcaaagagatttacgtttggggtaagagttaatacgagcgatagaggatggaccgat 6010
Query: 5641 gagtgtattggcgagccaatgccgagtgttaagaaagctaaggattcagctgcggttctt 5700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 6011 gagtgtattggcgagccaatgccgagtgttaagaaagctaaggattcagctgcggttctt 6070
Query: 5701 ctacttgagcttttaaataaaactttttcttgattcttttactctcttcaacgagatgta 5760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 6071 ctacttgagcttttaaataaaactttttcttgattcttttactctcttcaacgagatgta 6130
Query: 5761 gtcattacattttaaaccttaaaaccatagtggttgtagtgttttaattgatctg 5815
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 6131 gtcattacattttaaaccttaaaaccatagtggttgtagtgttttaattgatctg 6185
>At5g26780.2 68418.m03194 glycine hydroxymethyltransferase, putative / serine
hydroxymethyltransferase, putative / serine/threonine
aldolase, putative strong similarity to SP|P50433 Serine
hydroxymethyltransferase, mitochondrial precursor (EC
2.1.2.1) (Serine methylase) (Glycine
hydroxymethyltransferase) (SHMT) {Solanum tuberosum};
contains Pfam profile PF00464: serine
hydroxymethyltransferase
Length = 1966
Score = 42.1 bits (21), Expect = 0.053
Identities = 21/21 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3098 ccatgatcactaaagcatctc 3118
|||||||||||||||||||||
Sbjct: 1763 ccatgatcactaaagcatctc 1743
>At5g26780.1 68418.m03193 glycine hydroxymethyltransferase, putative / serine
hydroxymethyltransferase, putative / serine/threonine
aldolase, putative strong similarity to SP|P50433 Serine
hydroxymethyltransferase, mitochondrial precursor (EC
2.1.2.1) (Serine methylase) (Glycine
hydroxymethyltransferase) (SHMT) {Solanum tuberosum};
contains Pfam profile PF00464: serine
hydroxymethyltransferase
Length = 1962
Score = 42.1 bits (21), Expect = 0.053
Identities = 21/21 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3098 ccatgatcactaaagcatctc 3118
|||||||||||||||||||||
Sbjct: 1715 ccatgatcactaaagcatctc 1695
>At3g48560.1 68416.m05302 acetolactate synthase, chloroplast / acetohydroxy-acid
synthase (ALS) nearly identical to SP|P17597 Acetolactate
synthase, chloroplast precursor (EC 2.2.1.6, formerly EC
4.1.3.18) (Acetohydroxy-acid synthase) (ALS) {Arabidopsis
thaliana}
Length = 2270
Score = 40.1 bits (20), Expect = 0.21
Identities = 20/20 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1840 gagatggaggagggagagct 1859
||||||||||||||||||||
Sbjct: 227 gagatggaggagggagagct 208
>At1g62260.1 68414.m07024 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein
contains INTERPRO:IPR002885 PPR repeats
Length = 1971
Score = 40.1 bits (20), Expect = 0.21
Identities = 20/20 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5727 ttcttgattcttttactctc 5746
||||||||||||||||||||
Sbjct: 1934 ttcttgattcttttactctc 1915
Database: ../PTA.blast_byTAIR/DB/ATH1_cdna_cm_20040228.fa
Posted date: Jun 25, 2004 12:58 PM
Number of letters in database: 44,058,232
Number of sequences in database: 29,161
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 178,830
Number of Sequences: 29161
Number of extensions: 178830
Number of successful extensions: 3939
Number of sequences better than 10.0: 37
length of query: 5818
length of database: 44,058,232
effective HSP length: 19
effective length of query: 5799
effective length of database: 43,504,173
effective search space: 252280699227
effective search space used: 252280699227
T: 0
A: 40
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 18 (36.2 bits)