BLASTN 2.2.3 [Apr-24-2002]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= PTA.CL.9.cl.951.Contig2
(1887 letters)
Database: ../PTA.blast_byTAIR/DB/ATH1_cdna_cm_20040228.fa
29,161 sequences; 44,058,232 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
At5g25754.1 68418.m03054 expressed protein 3651 0.0
At5g25757.1 68418.m03055 expressed protein 3148 0.0
At3g59740.1 68416.m06665 receptor lectin kinase 3 (lecRK3) ... 40 0.067
At1g53790.1 68414.m06122 F-box family protein contains Pfam... 38 0.27
At1g22990.1 68414.m02873 heavy-metal-associated domain-cont... 38 0.27
>At5g25754.1 68418.m03054 expressed protein
Length = 1869
Score = 3652 bits (1842), Expect = 0.0
Identities = 1864/1870 (99%), Gaps = 1/1870 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 gaagagttaacattgttgcggccgctaagaattgatccggcgagaatggcgagcagcaat 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1 gaagagttaacattgttgcggccgctaagaattgatccggcgagaatggcgagcagcaat 60
Query: 61 gagtacgaggaaggtccaggggagagggagagtgggtacgacccgaatatggtgccggat 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 gagtacgaggaaggtccaggggagagggagagtgggtacgacccgaatatggtgccggat 120
Query: 121 tcggtgaaatcgttcgtgtcacacatgtacagacacataagggacaagaacgtgtacgag 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 tcggtgaaatcgttcgtgtcacacatgtacagacacataagggacaagaacgtgtacgag 180
Query: 181 atccaccagatgtgtgagacatcgttccagagcatatcggagcgtctgttcaaggacacg 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 atccaccagatgtgtgagacatcgttccagagcatatcggagcgtctgttcaaggacacg 240
Query: 241 ccgtggccaagtgtggaagcgattgctccttacgtagacaacgaccatgtgttctgtctt 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 241 ccgtggccaagtgtggaagcgattgctccttacgtagacaacgaccatgtgttctgtctt 300
Query: 301 ctgtaccgtgagatgtggtttcgacatttgtatgcgaggttgtctccgacgttgaagcag 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 301 ctgtaccgtgagatgtggtttcgacatttgtatgcgaggttgtctccgacgttgaagcag 360
Query: 361 aggattgattcttatgacaactattgcagcctctttccggttgtgttgcacggcgtagtg 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct: 361 aggattgattcttatgacaactattgcagcctctttcaggttgtgttgcacggcgtagtg 420
Query: 421 aatatgcagttgccgaaccagtggttgtgggatatggtggatgagtttgtctaccagttc 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 421 aatatgcagttgccgaaccagtggttgtgggatatggtggatgagtttgtctaccagttc 480
Query: 481 caaagtttctgtcaattcagagcaaagctcaagaacaaaacagaggaggagattgcattg 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 481 caaagtttctgtcaattcagagcaaagctcaagaacaaaacagaggaggagattgcattg 540
Query: 541 ctcagacagcacgataaggcctggaatgtctatggcgtgctcaacttcttgcaagcactt 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 541 ctcagacagcacgataaggcctggaatgtctatggcgtgctcaacttcttgcaagcactt 600
Query: 601 gtggagaagtcttgtatcatccagatccttgagcatgacaaggatggccttgagttcact 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 601 gtggagaagtcttgtatcatccagatccttgagcatgacaaggatggccttgagttcact 660
Query: 661 gagactgatggctacgatttcagcggtggcagcaacgtcttgaaggtcctcggttacttc 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 661 gagactgatggctacgatttcagcggtggcagcaacgtcttgaaggtcctcggttacttc 720
Query: 721 agcatggtcggtctcttgcgtgttcactgcctcctcggtgacttaccacactgctctcaa 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct: 721 agcatggtcggtctcttgcgtgttcactgcctcctcggtgact-accacactgctctcaa 779
Query: 781 atggttgcagcccattgacatcactcagccaggtgtttacaccagtgtcattggttgcca 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 780 atggttgcagcccattgacatcactcagccaggtgtttacaccagtgtcattggttgcca 839
Query: 841 tatcgctactatctaccactatggatttgccacccttatgttgcggaggtatgtcgatgc 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 840 tatcgctactatctaccactatggatttgccacccttatgttgcggaggtatgtcgatgc 899
Query: 901 tgttcgtgagttcaacaagattctcctctacattttcaagactaagcagtaccatcaaaa 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 900 tgttcgtgagttcaacaagattctcctctacattttcaagactaagcagtaccatcaaaa 959
Query: 961 gtcacctcagtacgagcaattactcaagaagaatgagcagatgtacgctttgcttgctct 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 960 gtcacctcagtacgagcaattactcaagaagaatgagcagatgtacgctttgcttgctct 1019
Query: 1021 ctccctctccctctgccctcaaactaaactcgttgacgagtctgtcaactctcagctgcg 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1020 ctccctctccctctgccctcaaactaaactcgttgacgagtctgtcaactctcagctgcg 1079
Query: 1081 agacaagtatggtgaaaagatgatgaggatgctgaggtctgacgacgaggcctttggtat 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1080 agacaagtatggtgaaaagatgatgaggatgctgaggtctgacgacgaggcctttggtat 1139
Query: 1141 ttatgatgagctcttctcttacgcatgccccaagtttatcaccccttccgcaccaccaac 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1140 ttatgatgagctcttctcttacgcatgccccaagtttatcaccccttccgcaccaccaac 1199
Query: 1201 tttcgaggaacctcttgtcaattacaatcaggatgcatacaggcttcagctgaagatgtt 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1200 tttcgaggaacctcttgtcaattacaatcaggatgcatacaggcttcagctgaagatgtt 1259
Query: 1261 cctttacgaggtaaagcagcagcagctcttgtcgggagtgcggactttcctgaaagtcta 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1260 cctttacgaggtaaagcagcagcagctcttgtcgggagtgcggactttcctgaaagtcta 1319
Query: 1321 ctcctccatttctcttgctaagctcgcaaactacatggaagttgatgagcccactctaag 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1320 ctcctccatttctcttgctaagctcgcaaactacatggaagttgatgagcccactctaag 1379
Query: 1381 gaccatattgttaacatacaagcacaagacccattcagttgattccgatggtaggatcat 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1380 gaccatattgttaacatacaagcacaagacccattcagttgattccgatggtaggatcat 1439
Query: 1441 ctccaatgcagacattgatttcttcatcaacaacgacatgatctacgttgtcgaatcaaa 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1440 ctccaatgcagacattgatttcttcatcaacaacgacatgatctacgttgtcgaatcaaa 1499
Query: 1501 acccgcaaaacgttatggtgatttcttcttgcggcagattgccaagcttgaaggtgtgat 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1500 acccgcaaaacgttatggtgatttcttcttgcggcagattgccaagcttgaaggtgtgat 1559
Query: 1561 caacgacatggatcgtgtcaagctggaatgacgacttttctgtgttatacctaatcatca 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1560 caacgacatggatcgtgtcaagctggaatgacgacttttctgtgttatacctaatcatca 1619
Query: 1621 atgcccaatctgatatgatgctttctcttataaaccatatgtttacttaaagccaaacac 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1620 atgcccaatctgatatgatgctttctcttataaaccatatgtttacttaaagccaaacac 1679
Query: 1681 ttttttgagtagctgtcttcatgtggtcaaatgataaccataaatcatctttcttatgga 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1680 ttttttgagtagctgtcttcatgtggtcaaatgataaccataaatcatctttcttatgga 1739
Query: 1741 ttattgctagttttttttattgagtatggcactgaagattataaccaatctcgagtttct 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1740 ttattgctagttttttttattgagtatggcactgaagattataaccaatctcgagtttct 1799
Query: 1801 ttccaatggctaggtcaaaaacattgaaagtattcaaggttatgaaaattttaaatcacc 1860
||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct: 1800 ttcgaattgctagttcaaaaacattgaaagtattcaaggttatgaaaattttaagtcacc 1859
Query: 1861 actacttgcc 1870
||||||||||
Sbjct: 1860 actacttgcc 1869
>At5g25757.1 68418.m03055 expressed protein
Length = 1812
Score = 3148 bits (1588), Expect = 0.0
Identities = 1641/1656 (99%), Gaps = 2/1656 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 46 atggcgagcagcaatgagtacgaggaaggtccaggggagagggagagtgggtacgacccg 105
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1 atggcgagcagcaatgagtatgaggaaggtccgggggagagggagagtgggtacgaccca 60
Query: 106 aatatggtgccggattcggtgaaatcgttcgtgtcacacatgtacagacacataagggac 165
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61 aatatggtgccggattcggtgaagtcgttcgtgtcacacatgtacagacacataagggat 120
Query: 166 aagaacgtgtacgagatccaccagatgtgtgagacatcgttccagagcatatcggagcgt 225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 aagaacgtgtacgagatccaccagatgtgtgagacatcgttccagagcatatcggagcgt 180
Query: 226 ctgttcaaggacacgccgtggccaagtgtggaagcgattgctccttacgtagacaacgac 285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 ctgttcaaggacacgccgtggccaagtgtggaagcgattgctccttacgtagacaacgac 240
Query: 286 catgtgttctgtcttctgtaccgtgagatgtggtttcgacatttgtatgcgaggttgtct 345
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 241 catgtgttctgtcttctgtaccgtgagatgtggtttcgacatttgtatgcgaggttgtct 300
Query: 346 ccgacgttgaagcagaggattgattcttatgacaactattgcagcctctttccggttgtg 405
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct: 301 ccgacgttgaagcagaggattgattcttatgacaactattgcagcctctttcaggttgtg 360
Query: 406 ttgcacggcgtagtgaatatgcagttgccgaaccagtggttgtgggatatggtggatgag 465
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 361 ttgcacggcgtagtgaatatgcagttgccgaaccagtggttgtgggatatggtggatgag 420
Query: 466 tttgtctaccagttccaaagtttctgtcaattcagagcaaagctcaagaacaaaacagag 525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 421 tttgtctaccagttccaaagtttctgtcaattcagagcaaagctcaagaacaaaacagag 480
Query: 526 gaggagattgcattgctcagacagcacgataaggcctggaatgtctatggcgtgctcaac 585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 481 gaggagattgcattgctcagacagcacgataaggcctggaatgtctatggcgtgctcaac 540
Query: 586 ttcttgcaagcacttgtggagaagtcttgtatcatccagatccttgagcatgacaaggat 645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 541 ttcttgcaagcacttgtggagaagtcttgtatcatccagatccttgagcatgacaaggat 600
Query: 646 ggccttgagttcactgagactgatggctacgatttcagcggtggcagcaacgtcttgaag 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 601 ggccttgagttcactgagactgatggctacgatttcagcggtggcagcaacgtcttgaag 660
Query: 706 gtcctcggttacttcagcatggtcggtctcttgcgtgttcactgcctcctcggtgactta 765
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct: 661 gtcctcggttacttcagcatggtcggtctcttgcgtgttcactgcctcctcggtgact-a 719
Query: 766 ccacactgctctcaaatggttgcagcccattgacatcactcagccaggtgtttacaccag 825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 720 ccacactgctctcaaatggttgcagcccattgacatcactcagccaggtgtttacaccag 779
Query: 826 tgtcattggttgccatatcgctactatctaccactatggatttgccacccttatgttgcg 885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 780 tgtcattggttgccatatcgctactatctaccactatggatttgccacccttatgttgcg 839
Query: 886 gaggtatgtcgatgctgttcgtgagttcaacaagattctcctctacattttcaagactaa 945
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 840 gaggtatgtcgatgctgttcgtgagttcaacaagattctcctctacattttcaagactaa 899
Query: 946 gcagtaccatcaaaagtcacctcagtacgagcaattactcaagaagaatgagcagatgta 1005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 900 gcagtaccatcaaaagtcacctcagtacgagcaattactcaagaagaatgagcagatgta 959
Query: 1006 cgctttgcttgctctctccctctccctctgccctcaaactaaactcgttgacgagtctgt 1065
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 960 cgctttgcttgctctctccctctccctctgccctcaaactaaactcgttgacgagtctgt 1019
Query: 1066 caactctcagctgcgagacaagtatggtgaaaagatgatgaggatgctgaggtctgacga 1125
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1020 caactctcagctgcgagacaagtatggtgaaaagatgatgaggatgctgaggtctgacga 1079
Query: 1126 cgaggcctttggtatttatgatgagctcttctcttacgcatgccccaagtttatcacccc 1185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1080 cgaggcctttggtatttatgatgagctcttctcttacgcatgccccaagtttatcacccc 1139
Query: 1186 ttccgcaccaccaactttcgaggaacctcttgtcaattacaatcaggatgcatacaggct 1245
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1140 ttccgcaccaccaactttcgaggaacctcttgtcaattacaatcaggatgcatacaggct 1199
Query: 1246 tcagctgaagatgttcctttacgaggtaaagcagcagcagctcttgtcgggagtgcggac 1305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1200 tcagctgaagatgttcctttacgaggtaaagcagcagcagctcttgtcgggagtgcggac 1259
Query: 1306 tttcctgaaagtctactcctccatttctcttgctaagctcgcaaactacatggaagttga 1365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1260 tttcctgaaagtctactcctccatttctcttgctaagctcgcaaactacatggaagttga 1319
Query: 1366 tgagcccactctaaggaccatattgttaacatacaagcacaagacccattcagttgattc 1425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1320 tgagcccactctaaggaccatattgttaacatacaagcacaagacccattcagttgattc 1379
Query: 1426 cgatggtaggatcatctccaatgcagacattgatttcttcatcaacaacgacatgatcta 1485
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1380 cgatggtaggatcatctccaatgcagacattgatttcttcatcaacaacgacatgatcta 1439
Query: 1486 cgttgtcgaatcaaaacccgcaaaacgttatggtgatttcttcttgcggcagattgccaa 1545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1440 cgttgtcgaatcaaaacccgcaaaacgttatggtgatttcttcttgcggcagattgccaa 1499
Query: 1546 gcttgaaggtgtgatcaacgacatggatcgtgtcaagctggaatgacgacttttctgtgt 1605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1500 gcttgaaggtgtgatcaacgacatggatcgtgtcaagctggaatgacgacttttctgtgt 1559
Query: 1606 tatacctaatcatcaatgcccaatctgatatgatgctttctcttataaaccatatgttta 1665
|| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct: 1560 tacacctaattatcaatgcccaatctgatatgatgctttctcttataaaccataagttta 1619
Query: 1666 cttaaagccaaacacttttttgagtagctgtcttca 1701
| | |||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct: 1620 cctggagccaaacac-tttttgagtaactgtcttca 1654
>At3g59740.1 68416.m06665 receptor lectin kinase 3 (lecRK3) identical to receptor
lectin kinase 3 [Arabidopsis thaliana]
gi|4100060|gb|AAD00733
Length = 2072
Score = 40.1 bits (20), Expect = 0.067
Identities = 20/20 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 509 tcaagaacaaaacagaggag 528
||||||||||||||||||||
Sbjct: 1713 tcaagaacaaaacagaggag 1732
>At1g53790.1 68414.m06122 F-box family protein contains Pfam PF00646: F-box
domain; contains TIGRFAM TIGR01640 : F-box protein
interaction domain
Length = 1396
Score = 38.2 bits (19), Expect = 0.27
Identities = 19/19 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1869 ccgaaaaaaaaaaaaaaaa 1887
|||||||||||||||||||
Sbjct: 44 ccgaaaaaaaaaaaaaaaa 62
>At1g22990.1 68414.m02873 heavy-metal-associated domain-containing protein /
copper chaperone (CCH)-related low similarity to copper
homeostasis factor [GI:3168840][PMID:9701579]; strong
similarity to farnesylated protein ATFP7 [GI:4097555];
contains heavy-metal-associated domain PF00403
Length = 672
Score = 38.2 bits (19), Expect = 0.27
Identities = 19/19 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1016 gctctctccctctccctct 1034
|||||||||||||||||||
Sbjct: 2 gctctctccctctccctct 20
Database: ../PTA.blast_byTAIR/DB/ATH1_cdna_cm_20040228.fa
Posted date: Jun 25, 2004 12:58 PM
Number of letters in database: 44,058,232
Number of sequences in database: 29,161
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 70,522
Number of Sequences: 29161
Number of extensions: 70522
Number of successful extensions: 3865
Number of sequences better than 10.0: 97
length of query: 1887
length of database: 44,058,232
effective HSP length: 18
effective length of query: 1869
effective length of database: 43,533,334
effective search space: 81363801246
effective search space used: 81363801246
T: 0
A: 40
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 17 (34.2 bits)